HLA-B27对强直性脊柱炎的诊断有帮助。在强直性脊柱炎患者中HLA-B27的阳性率为90%-95%，但人群中HLA-B27的阳性者仅有1%-3%患强直性脊柱炎，因此HLA-B27不能作为诊断和排除诊断的筛选检查。此外，HLA-B27阳性对幼年型慢性关节炎患者发生强直性脊柱炎的可能性预测有帮助。